Laboratorium merupakan salah satu komponen yang sangat penting. Sarana dan prasarana Politeknik Kesehatan Yogyakarta sangat diperlukan untuk penunjang pembelajaran berbasis praktik. Laboratorium terdapat di Jurusan maupun Laboratorium terpadu. Laboratorium terpadu dipakai oleh seluruh jurusan yang terjadwal di awal semester. Politeknik Kesehatan Yogyakarta dalam upayanya meningkatkan mutu pendidikan terus berupaya melakukan penataan, pembenahan dan juga peningkatan dalam segala aspek. Salah satunya adalah Laboratorium Politeknik Kesehatan Yogyakarta menuju ISO 17025:2017. ISO 17025 atau sitem manajamen laboratorium ISO 17025 merupakan standard persyaratan kompetensi untuk sistem manajemen laboratorium. Sistem ini digunakan untuk mengembangkan sistem manjemen kegiatan mutu, administrasi dan teknis. Standar ini menetapkan persyaratan umum kompetensi dalam melakukan pengujian dan kalibrasi termasuk pengambilan contoh. Hal ini mencakup kalibrasi dan pengujian dengan menggunakan proses yang baku maupun yang tidak baku serta proses yang dikembangkan oleh laboratorium.

Laboratorium berperan sebagai wahana pendidikan selain dari ruang kuliah. Laboratirum harus memiliki kelengkapan terutama dalam tata bangungan dan utilitas, peralatan bahan, personil dan sitem tata kelola yang memadai. Laboratorium perlu dikelola dengan baik, karena berperan dalam mendorong efektifitas dan optimalisasi proses pembelajaran melalui penyelenggaran berbagai fungsi penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Selain itu laboratorium dapat menjadi wahana melatih mahasiswa untuk mengembangkan ketrampilan ilmiah seperti mencari, mengumpulkan, mengamati, bereksperimen dan menyimpulkan data yang telah ada.